Sinds 19 september 2013 is Preud’homme de hoofdtrainer van Club Brugge. In 2014 werd het contract van Preud’homme opengebroken en verlengd tot 2019. In 2015 won hij met Club Brugge de beker van België, de laatste bekerwinst van Club Brugge dateerde al van 2007. Zijn grootste triomf bij Club tot dan toe haalde Preud’homme op 15 mei 2016: dag op dag elf jaar na de laatste keer dat Club Brugge de Belgische titel won, werd het onder Preud’homme opnieuw kampioen met een klinkende 4-0 overwinning tegen aartsrivaal Anderlecht. Op 22 mei 2017 kondigde hij zijn afscheid aan bij Club Brugge, hij verklaarde dat hij toe was aan wat rust na 40 onafgebroken jaren op het hoogste niveau.


Vier seizoenen als trainer 2013-2017
Kampioen in 2016
Supercup in 2016
Bekerwinst in 2015


Voorzitter Bart Verhaeghe: “Michel komt in het rijtje van de allergrootste trainers die Club ooit had. Op minder dan 4 jaar tijd pakte hij 3 prijzen (Titel, Beker en Supercup) en haalde hij de kwartfinale van de Europa League. Daarnaast werd hij twee keer trainer van het jaar én haalde zijn team heel wat individuele prijzen binnen zoals de Gouden Schoen en Profvoetballer van het jaar. Michel Preud’homme was de juiste man op de juiste plaats om met Club terug de laatste stap te zetten naar de absolute top in België en we willen hem daarvoor van harte bedanken. Michel zit voor altijd in de harten van de blauwzwarte familie”